文昌塔常常建有九层或者十三层，这些层数并非随机而定，而是含有深刻的象征意义：
九层文昌塔代表九重天，具有极高的精神和文化内蕴，是文化墨宝的重要代表。
在道教中，九层塔又被称为九重宝象楼，象征着道教的九重境界，是普渡众生和祭祀神明的地方。
在佛教中，九层文昌塔代表着文殊菩萨，文殊菩萨是智慧之神，佛教二十一度菩萨之一，以智慧解救众生，开智悟道，九层文昌塔见证了很多解救众生的历程。
十三层文昌塔是中国传统的吉祥数字，寓意着长寿吉祥和行好运，也是儒家的代表之一。
十三层塔在道教中，也象征着十二神将和三清之一的太乙真人等道教神仙的象征。
无论是九层还是十三层塔，都公认是具有较高精神文化内蕴的建筑，寓意着吉祥、智慧和神仙保佑。在中国传统文化中，文昌塔作为儒教文化的一部分，不仅有强烈的信仰功效，也对我国古代文化、哲学、历史等方面均有深刻的影响。